30年前，未知的“侵略姓外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧亖亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？我不认为我这种独创的方法会有错误，那么，难道说，所谓的门与壁其实只是个障眼法，只要掌握了打开结界的方法，无论从哪个地方都是一样可以进入塔内，反过来亦是说，若不能找到打开结界的方法，这“塔”是根本没有门的。
